Yumurtalıkların uyarılmasından sonra, belirli büyüklükte folliküller elde edilir. Daha sonra halk arasında çatlatma iğnesi olarakda bilinen hCG hormonu yapılır. Bu hormon hem yumurta gelişiminin tamamlanmasına, hem de yumurtanın follikül duvarından ayrılarak follikül sıvısına geçmesine neden olur. hCG yapıldıktan yaklaşık 32-36 saat sonra yumurta toplama işlemine geçilir.  Yeterli ve iyi kalitede yumurta elde edebilmek için enjeksiyonun belirlenen saatte yaptırılması ve yine belirlenen saatte yumurta toplama işlemi için klinikte bulunulması son derece önemlidir.

Tüp bebek uygulamalarının başladığı ilk yıllarda toplama işlemi laparoskopiyle yapılırdı. Bu hem hasta için hem de hekim için oldukça zahmetli bir işlemdi. Günümüzde ise yumurta toplama işlemi vajinal ultrasonografiyle oldukça kolay ve konforlu bir şekilde gerçekleştirilir. Hasta jinekolojik muayene pozisyonunda yatar ve üzeri steril örtülerle örtülür. Hafif bir genel anestezi uygulanır. Vajina temizliği yapıldıktan sonra  vajinal ultrasonografiye başlanır. Vajinal ultrasonografi üzerinde bulunan kılavuz içinden geçirilen bir iğne ile yumurtalıklara ulaşılır. Her bir follikül içine girilerek içeriği özel bir aspiratör yardımıyla boşaltılır. Alınan sıvı hemen laboratuvara yollanarak yumurta içerip içermediği mikroskop altında incelenir. Eğer yumurta hücresi varsa ayrılır. Eğer follikülden yumurta elde edilemezse aynı iğne içinden özel sıvı verilerek follikül boşluğu yıkanır. İçinde kalmış olabilecek yumurta alınmaya çalışılır. Bu şekilde tüm folliküller aspire (vakum yardımıyla emme işlemi) edilinceye kadar işleme devam edilir. Her iki yumurtalığın aspire edilmesi yaklaşık 15 - 30 dakika sürer.

Komplikasyon yaşanabilir mi?

İşlem sonrası hasta dinlenme odasına alınarak bir süre istirahat etmesi sağlanır. Bazen follikül sayısı fazla olmasına karşın içlerinden yumurta hücresi çıkmaz. Boş follikül sendromu adı verilen bu durumun en önemli nedenlerinden biri hastanın hCG enjeksiyonunu yanlış saatte yaptırmış olmasıdır. Bu gibi durumlarda tek taraftaki folliküller aspire edildikten sonra yeniden hCG yapılır. 24 saat sonra yumurta toplama (OPU) işlemi diğer yumurtalıkta tekrarlanır.

Yumurta (Oosit) toplama işleminin komplikasyon oranı oldukça düşüktür. En sık karşılaşılan komplikasyon OPU iğnesinin geçtiği vajina dibinden olan kanamalardır. Bu kanamalar tamponlamayla kolaylıkla durdurulabilir. Çok nadiren bağırsak, mesane, damar gibi komşu organ yaralanmaları görülebilir. Nadir karşılaşılan bir başka komplikasyon da alt karın bölgesi absedir. Endometrioma (çikolata kisti) varlığı, içerdiği kanın uygun besi yeri olması nedeniyle pelvik abse açısından önemli bir risk faktörüdür.
Genel anestezi altında vajinal yoldan yumurta toplama işlemi genelde tolere edilmesi kolay ve komplikasyon olasılığı düşük bir işlemdir.